Såfremt der på en virksomhed inden for Samarbejdsaftalens område opstår uenighed om aftalens forståelse eller anvendelse, skal uoverensstemmelsen søges bilagt ved lokal drøftelse i virksomhedens samarbejdsudvalg. Hver af parterne kan under sådanne drøftelser indhente vejledning fra Samarbejdsnævnet til brug for løsning af uoverensstemmelsen.
Såfremt det ikke ved lokale drøftelser lykkes at tilvejebringe enighed, kan hver af parterne indbringe sagen for Samarbejdsnævnet vedlagt et referat fra drøftelserne om uoverensstemmelsen. Når sager indbringes for nævnet, kan der indhentes supplerende oplysninger.
Det påhviler herefter Samarbejdsnævnet at søge sagen bilagt ved forhandlinger med de implicerede parter og evt. deres fagforbund og arbejdsgiverforeninger
Hvis det herefter ikke lykkes at opnå enighed, kan Samarbejdsnævnet, når en af parterne anmoder herom, tiltrædes af en opmand, der udpeges af Samarbejdsnævnet. Kan enighed om valg af op mand ikke opnås, udpeges denne af formanden for Arbejdsretten.
Nævnet behandler herefter sagen efter de almindelige retningslinjer, der gælder for behandling af faglig voldgift. Medmindre det under nævnsbehandlingen lykkes at få sagen forligt, afsiges
kendelse, og drejer sagen sig om brud på aftalen, kan der idømmes den part, der har begået bruddet, en bod. Afgørelsen om bodsansvar og størrelsen af en eventuel bod fastsættes under hensyn til samtlige sagens omstændigheder og under behørig hensyntagen til, i hvilken grad overtrædelsen har været undskylde lig fra overtræderens side.